Alt Commander to dwupanelowy menedżer plików. Poza typowymi możliwościami program pozwala również na przeglądanie plików graficznych w najpopularniejszych formatach oraz zawiera narzędzie do szyfrowania danych, archiwizacji, seryjnej zmiany nazwy zbiorów i klienta FTP.

Wygląd menadżera można w opcjach ustawić na wzór: Total Commandera, Turbo Pascala, Dos Navigatora lub według własnych preferencji, ustawić kolory i czcionki. Program oferuje opcje szybkiego przejścia do wybranego katalogu dzięki zdefiniowaniu ulubionych ścieżek.